L’abbaye cistercienne Notre-Dame du Lys est fondée en 1248 par Saint Louis et sa mère, Blanche de Castille. Située à Dammarie-lès-Lys, elle n’est alors qu’à 3 km environ du château royal de Melun. Ses bâtiments sont construits entre 1244 et 1253.
Durant la guerre de Cent ans, en 1358, Charles le Mauvais, roi de Navarre, et ses partisans prennent Melun, pillent et incendient l’abbaye du Lys qui est presque totalement détruite, à l’exception de l’église et du dortoir. La reconstruction des bâtiments s’opère progressivement jusqu’au début du XVIe siècle. Beaucoup de transformations sont établies au XVIIe siècle, notamment dans l’église (surélévation du maître-autel, ajout de décors classiques, etc.)
Au XVIIe siècle, l’abbaye est réputée pour sa grande piété et son austérité. Toutefois, les abbesses exercent une mauvaise gestion financière qui perdure au XVIIIe siècle, malgré l’intervention de Colbert entre 1678 et 1698. De fait, l’abbaye perd progressivement son renom jusqu’à la Révolution française. En 1792, la vente de l’abbaye est décidée. Dès 1794, certains bâtiments sont détruits. Le mobilier est vendu en 1795, puis le domaine (abbaye, pavillon des Hôtes et communs) fin 1796.
En 1930, les ruines de l’abbaye, dont ils ne restent que quelques parties du chœur et du transept de l’église, sont classées Monuments historiques. En 1956, la commune de Dammarie-lès-Lys rachète l’ensemble du domaine pour en faire un jardin public. Depuis, les ruines ont fait l’objet de fouilles, d’une consolidation et d’une mise en valeur. Le pavillon des Hôtes est devenu le Centre des Musiques Didier Lockwood.
L'abbaye du Lys reste célèbre aujourd'hui pour son lien avec Blanche de Castille et pour les personnes qui y ont séjourné : la mère abbesse Claire-Cécile Colbert, sœur de Jean-Baptiste Colbert, Marie Mancini, nièce du cardinal Mazarin, ou encore les abbesses Agnès et Angélique Arnauld, sœurs du théologien janséniste Antoine Arnauld.
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